События в Red Faction: Armageddon разворачиваются спустя полвека после событий первой части. На Марсе была установка по регулировке климата, но она подверглась разрушению, и красная планета стала практически непригодной для жизни, столь ужасные появились условия на поверхности. Правда, несмотря на панику, люди додумались спрятаться под землей в сети туннелей. Главный герой Red Faction: Armageddon - внук Алека Мейсона и Саманьи по имени Дариус Мейсон. Колонисты соорудили подземный центр, получивший название Бастион. Этот центр патрулирует поверхность Марса, и в одном из таких рейдов Дариус нашел шахту в старом храме Мародеров. Это привело к тому, что Зло проснулось от давней спячки...